به همین دلیل در اسناد بالادستی و سیاست‌های کلان علم و فناوری نظام و در اهداف تشکیلات وزارتخانه عتف بر ارزیابی و رتبه‌بندی علمی دانشگاه‌ها تأکید شده و حتی رهبر انقلاب در سال98 خواستار رصد و پایش علمی دانشگاه‌ها شدند. 
بر این اساس طی دو سه دهه اخیر دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی بارها بر اساس مدل یا نظام رتبه‌بندی آی.اس.آی خود را مورد ارزیابی قرار دادند و یا از سوی مؤسسات داخلی و خارجی مورد ارزیابی علمی قرار گرفتند. مدلی که در آن، تولید مقاله پژوهشی و انتشار در مجلات معتبر بین‌المللی به نسبت دیگر شاخص‌هایش وزن و امتیاز بالاتری دارد و شاید به همین دلیل بیشتر مورد استقبال مراکز عالی آموزشی و پژوهشی ماست. این در حالی است که به باور برخی از متخصصان خود آمریکا که وضع‌کنندهISI است، به طور ناچیز از این نظام استفاده می‌کند و یا در بیانیه سانفرانسیسکو که به امضای هزاران دانشمند و پژوهشگر و حدود ۸۰۰ مجله علمی معتبر دنیا رسیده تأکید شده کشورها و دانشگاه‌ها مبنا را در ارزیابی‌ها، مجلات قرار ندهند.
با وجود این، پرسش این است که آیا تولید مقاله می‌تواند معیار محکمی برای رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و جایگاه علمی ما در دنیا باشد و آیا مدل‌های دقیق‌تری که در برگیرنده رسالت‌های اساسی نظام آموزشی ما باشد در دست اجرا داریم؟ 

معیارهای ارزیابی علمی دانشگاه‌ها 
دکتر غلامحسین رحیمی، معاون سابق پژوهشی وزارت علوم، در پاسخ به قدس می‌گوید: برای ارزیابی علمی دانشگاه‌ها بایدسه عامل آموزش، پژوهش و فناوری به صورت نسبی و مقایسه‌ای برجسته‌تر باشند تا دانشگاهی نسبت به دانشگاه دیگر برتری پیدا کند. البته در ذیل هر کدام از این عوامل تعدادی شاخص داریم؛ مثلاً در عامل آموزش؛ شاخص‌هایی مثل تعداد دانشیار، تعداد استادان، مقاطع تحصیلی فعال، کیفیت آموزش استادان، اشتغال دانش‌آموختگان، تولید منابع آموزشی، کتاب‌های مرجع و گزارش‌های علمی و... باید لحاظ شوند. 
یا در عامل پژوهش؛ مهم‌ترین شاخص، تولید مقالات علمی در سطح ملی و بین‌المللی است. اهمیت مقالات علمی به این دلیل است که پژوهش‌هایی در دانشگاه انجام می‌گیرد که امکان تبدیل شدن به گزارشی با فرمت مقاله را دارند و می‌توانند در معرض نقد و ارزیابی محققان دیگر قرار بگیرند. درحقیقت مقاله بازتاب مکتوب پژوهش‌های انجام شده است و اگر دانشگاهی مقاله‌ای با این ویژگی نداشته باشد یعنی پژوهش در آن، حیات ندارد و اگر هم بگویند ما پژوهش کردیم اما مقاله‌ای ارائه نداده‌ایم در این صورت نمی‌توان به اعتبار آن پژوهش اعتماد کرد.
وی سپس به سومین معیار رتبه‌بندی که مربوط به مشارکت در توسعه فناوری است اشاره می‌کند و می‌گوید: در این حوزه، شاخص‌هایی مثل تجهیز آزمایشگاه، مراکز رشد و کارآفرینی و... نقش مهمی دارند. بنابراین اینکه ما بخواهیم فقط با یک شاخص، آن هم تولید مقاله، دانشگاه‌ها را رتبه‌بندی کنیم، چنین رتبه‌بندی‌ای بسیار ناقص خواهد بود. 

رتبه‌بندی در دیگر کشورها
وی اضافه می‌کند: هیچ یک از کشورهای پیشرفته برنامه توسعه علمی و فناوری و توسعه تحقیقات و جهت‌دهی خود را وابسته به مقاله و رتبه‌بندی علمی دانشگاه‌ها نمی‌کنند بلکه آن را بر اساس برنامه‌های کلان توسعه‌ای خود قرار می‌دهند. مثلاً آمریکا می‌گوید می‌خواهد برای پنج سال دیگر در هوش مصنوعی در جایگاه نخست دنیا قرار بگیرد. بنابراین در این بخش سرمایه‌گذاری می‌کند و تحقیقات این بخش را توسعه می‌دهد. در این صورت فناوری و محصولات مبتنی بر هوش مصنوعی این کشور هم رشد می‌کند و پس از آن، سازمان‌های فعال در زمینه رتبه‌بندی علمی دانشگاه‌ها و مؤسسات، اعداد و ارقام محقق شده را دریافت می‌کنند و پس از مقایسه آن‌ها با جاهای دیگر می‌گویند مثلاً این کشور در هوش مصنوعی در چه سطحی قرار دارد. یعنی آمریکا برای اینکه در هوش مصنوعی جایگاه نخست دنیا را بدست آورد برنامه علمی‌اش را طوری تنظیم نمی‌کند که بیشتر مقاله بدهد و در این بخش اول شود. ولی ما گاهی اوقات این کار را انجام می‌دهیم؛ یعنی برای اینکه رتبه‌مان بالاتر برود تولید مقاله را معیار قرار می‌دهیم. مثلاً حدود 15 سال پیش تعداد مقالات دانشگاهی ما در حوزه مهندسی کشتی بیشتر از تعداد مقالات کره جنوبی در حوزه یاد شده بود اما آن‌ها کشتی‌های چند صد هزار تنی می‌ساختند و ما در حد همان لنج مانده بودیم. این یعنی رشته دانشگاهی درست کردیم اما کشور برای توسعه در این بخش هیچ برنامه مشخصی نداشته است؛ البته الان به نسبت آن زمان وضع ما خیلی بهتر شده است. بنابراین تأکید می‌کنم نباید بر اساس نظام رتبه‌بندی هیچ پایگاهی، برنامه توسعه‌ای خود را تنظیم کنیم بلکه باید بر اساس برنامه خود آن را تدوین کنیم و ببینیم کشور چه نیازهایی دارد و چه انتظاراتی از دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی خود داریم و بعد این انتظارات را رصد کنیم تا دریابیم چقدر برآورده می‌شود. 
وی در پاسخ به این پرسش که آیا وزارتخانه‌های عتف و بهداشت و درمان الگوی مشخصی برای ارزیابی علمی به دانشگاه‌ها ارائه داده‌اند، می‌گوید: این را باید از خود این وزارتخانه پرسید. در مدتی که بنده معاون پژوهشی وزارت علوم بودم، دقیقاً این‌ها را به چند شاخص تبدیل کرده و به صورت میدانی بر روند کار نظارت می‌کردیم. اما این مسئله باید گسترش پیدا کند و به صورت یک ساختار در بیاید. البته یکی از اهداف اصلی طرح آمایش دانشگاه‌ها همین موضوع بود که متأسفانه این وسط این طرح معلق مانده است. 

خبرنگار: محمود مصدق