حوزه‌ای که بیش از هزار سال پیش در نجف شکل گرفته بی‌گمان مرهون مرقد مطهر علوی بوده است؛ اما نقش علمای ایرانی در فراز و نشیب‌های حوزه علمیه نجف نیز قابل انکار نیست.

مشهد امام علی(ع)
نجف با اینکه سابقه تاریخی زیادی دارد و پیش از اسلام هم محل سکونت بوده، ولی اهمیت چندانی نداشته؛ بعدها هم که کوفه توسط مسلمین به وجود آمد، قریه کوچکی بوده در کنار شهر باعظمت کوفه.
امیرالمؤمنین(ع) که شهید شد، بنابر وصیتش آنجا دفن شد، بیرون شهر و به‌طور ناشناس. ولی در اواخر قرن دوم که قبر مطهرش مشخص شد، مشهدش اهمیت ویژه‌ای پیدا کرد، تا جایی‌که بعدها کوفه بزرگ تبدیل شد به یکی از محلات نجف.
با مشخص شدن مزار امام علی(ع) در عصر امام صادق(ع)، بسیاری از شیعیان به سكونت پیرامون آن مزار شریف راغب شدند. علویان طبرستان بر مزارش بقعه‌ای ساختند و در عصر آل‌بویه به شهر کوچکی تبدیل شد.
همان سال‌ها حلقه‌های بحث و درس در جوار مرقد امیرمؤمنان(ع) به‌تدریج برقرار شد، ولی مرکز علمی منسجمی که بتوان اسمش را حوزه علمیه گذاشت، با حضور شیخ طوسی شکل گرفت.

پای یک مشهدی در میان است!
محمد بن حسن، متولد رمضان 385 قمری در توس خراسان بود و ۲۳سالگی به بغداد رفت تا شاگردی شیخ مفید و سید مرتضی را کند و به یکی از بزرگ‌ترین و مشهورترین محدثان و فقیهان شیعه تبدیل شود.
در میان شاگردانش، ۳۰۰ تن از علما شماره شده‌اند و آثارش افزون بر 50 کتاب در زمینه‌های مختلف اعتقادی، کلامی، تفسیری، فقهی، اصولی، حدیثی، رجالی و... می‌شد، ازجمله «التهذیب» و «الاستبصار» که دو کتاب از کتب اربعه، کتاب‌های چهارگانه شیعه هستند.
شیخ طوسی، شیخ‌الطائفه و یکی از مشایخ ثلاثه شیعه بود، آن‌قدر بزرگ که خلیفه عباسی هم کرسی علم کلام بغداد را به او بسپرد.
اما همزیستی شیعه و اهل‌سنت، با هجوم ترکان سلجوقی نپایید و درگیری‌های مذهبی به فشار بر شیعیان و تعدی به علما و غارت خانه و کتابخانه‌های آنان انجامید. پس از ۲۲سال مرجعیت در بغداد، این شهر دیگر جای ماندن نبود و شیخ در ۴۴۹ قمری شبانه به نجف هجرت کرد تا در 12سال آخر عمرش، حوزه علمیه هزارساله نجف پا بگیرد.

بنای حوزه علمیه هزارساله
با هجرت شیخ‌الطائفه به نجف، عده دیگری از علما نیز به او پیوستند. شیخ توانست اوضاع تحصیلی نجف را تحت نظم درآورد و حلقه‌های درسی را تشکل بخشد.
به‌زودی حوزه علمی این شهر مورد توجه علما و دانش‌پژوهان قرار گرفت و دانشوران زیادی برای فراگیری و تحقیق در فقه، کلام، تفسیر و حدیث، رهسپار مشهد امیرالمؤمنین(ع) شدند تا به یکی از مراکز اصلی علمی شیعه تبدیل شود.
پس از شیخ طوسی، فرزند و نوه‌اش که از علمای آن دوره بودند، اداره حوزه علمیه نجف را عهده‌دار شدند.

افول حوزه به‌خاطر عظمت شیخ!
رونق علمی حوزه علمیه نجف دیری نپایید و به‌زودی این مرکزیت را به حوزه علمی کربلا و حله واگذار کرد، چون بسیاری از فقهای بزرگ آن دوران به کربلا و حله مهاجرت کرده بودند.
افول دیلمیان و قدرت گرفتن سلاجقه، فشارهای زیادی را بر شیعیان وارد می‌کرد. نجف نیز شهر کوچکی بود و ظرفیت مرکزیت علمی بزرگ شیعه را نداشت و تا قرن هشتم هجری، یعنی دوران حکومت جلایریان و ایلخانان، توسعه چندانی نیافته بود.
اما دلیل اصلی‌اش را بسیاری، عظمت شخصیت شیخ طوسی می‌دانند که تا مدت‌ها پس از درگذشتش، دیدگاه‌های او را بر حوزه علمیه سیطره داد، آن‌قدر که جای نقد و اجتهاد تنگ شده بود؛ در حالی‌که شیخ طوسی خود پایه‌گذار اجتهاد و عقل‌گرایی در فقه و عقاید شیعه بود!
با این حال، در این دوره نیز حوزه نجف تکاپوی علمی خود را داشت؛ ابوعلی طوسی، فرزند شیخ طوسی که نزد علمای شیعه به مفید ثانی شهرت دارد، شاگردان بزرگی مثل ابن شهرآشوب و طبرسی را تربیت کرد و کتبی مثل مجمع‌البیان، شرح کافیه و شرح قصائد از جمله آثار دانشمندان این دوره حوزه نجف است.

مقدس اردبیلی، احیاگر دوباره حوزه نجف
حوزه علمیه نجف در قرن دهم با هجرت برخی از علمای بزرگ مانند محقق کرکی و محقق اردبیلی رونق دوباره یافت. گرچه تأسیس حکومت شیعه صفوی در ۹۰۵ق و توجه آنان به آبادانی نجف نیز در رونق حوزه علمیه این شهر بی‌تأثیر نبود.
مقدس اردبیلی نقش ویژه‌ای در احیای رونق حوزه علمیه نجف در این دوره داشت. او خلوت و غربت دیار علوی را نپسندید و تمام تلاش خود را به رونق حوزه علمیه‌اش معطوف کرد و حتی اصرار دولتمردان صفوی برای بازگشت به ایران را نادیده گرفت. در این دوره، حوزه نجف به عنوان مرکز دیگری در برابر حوزه اصفهان احیا شد.
مکتب فقهی او، طلاب بسیاری را در حلقه‌های درس او حاضر کرد. بزرگانی مانند صاحب مدارک و صاحب معالم، از تربیت‌شدگان مکتب او هستند.

افول دوباره با اخباری‌گری
در قرن یازدهم و در پی هجرت رهبران مکتب اصولی از نجف به کربلا، مباحث اجتهادی در حوزه نجف کمرنگ شده و با ظهور محمدامین استرآبادی، اخباری‌گری بر حوزه‌های علمیه چیره شد. وی منکر حجیت عقل بود، قرآن را بدون روایات قابل درک نمی‌دانست، منکر اجتهاد و تقلید بود و بر جمود بر ظواهر روایات تأکید می‌کرد.
اخباری‌گری در نجف، اعتبار و رونق حوزه علمیه نجف را کاهش داد و برخی از علما و فقیهان به شهرها و حتی کشورهای دیگر مهاجرت کردند. درگیری‌های پیوسته صفویه و عثمانی بر سر تسلط بر عراق و فشار عثمانی بر علمای شیعه نیز در رکود کوتاه این دوره بی‌تأثیر نبود.
تا پایان قرن یازدهم از آمد و شد طلاب و دانش‌پژوهان به نجف کاسته شد و حوزه علمیه کربلا رونق بیشتری داشت.

این بار وحید بهبهانی
دوره اصلی شکوفایی علمی حوزه علمیه نجف، از قرن دوازدهم قمری آغاز شد. این‌بار وحید بهبهانی از ایران به کربلا و سپس نجف مهاجرت کرد تا حوزه هزارساله را به دوران اوجش برگرداند. با تلاش علمی وحید بهبهانی افکار اخباری‌گری به‌تدریج افول کرد و مباحث اصولی و اجتهادی بار دیگر رونق گرفت. جنبشی که وحید بهبهانی در کربلا آغاز کرد، در نجف ثمر داد و با ظهور شاگردش، علامه بحرالعلوم، حوزه نجف ناملایمات دوره اخباری‌گری را پشت سر گذاشت و به دوره جدیدی گام نهاد.
شاید بتوان گفت انتقادهای دانشمندان اخباری و میراث علمی آنان، تأثیر زیادی در بالندگی و شکوفایی حوزه داشت. پاسخ‌گویی وحید بهبهانی و شاگردانش به شبهات اخباریان نیاز به قواعد اصولی در استنباط داشت و این کوشش‌ها علم اصول فقه را به کمال رساند. 
با ظهور عالمان و فقیهان بسیاری که به همت وحید بهبهانی و شاگردانش تربیت شده بودند، حوزه علمیه نجف عظمت و شکوه خود را بازیافت و دوباره به مرکز علمی جهان تشیع تبدیل شد. این مرکزیت تا احیای حوزه علمیه قم ادامه یافت و پس از آن نیز تا امروز به عنوان یکی از دو مرکز علمی مهم شیعه همچنان رونق خود را حفظ کرده است.

زعمای حوزه علمیه نجف
سیدبحرالعلوم، هنوز سنش از 30 سال تجاوز نکرده بود که زعامت شیعیان و مدیریت حوزه علمیه نجف را برعهده گرفت. در مکتب او بزرگان زیادی پرورش یافتند که کاشف‌الغطا، نراقیین و شیخ محمدحسن نجفی از آن جمله‌اند. شیخ محمدحسن نجفی زعیم بعدی حوزه بود که کتاب جواهرالکلام را در 30سال نوشت تا به عنوان یكی از منابع اولیه فقه شناخته شود. شیخ انصاری پس از صاحب جواهر مرجعیت عامه یافت و ریاست حوزه علمیه نجف را عهده‌دار شد. کتاب رسائل او از برترین نوشته‌های اصولی شیعه به شمار می‌رود و بسیاری از دروس اجتهادی بر محور این کتاب ارائه می‌شود.
آخوند خراسانی، میرزای شیرازی، میرزای نائینی، شیخ‌الشریعه اصفهانی و... یكی پس از دیگری زعامت حوزه علمیه نجف و مرجعیت و رهبری امت اسلامی را برعهده گرفتند.
این دوره با نهضت‌های علمی، فرهنگی و سیاسی متعددی همراه بود که علمای نجف رهبری آن را برعهده داشتند. جنبش تحریم تنباکو، مبارزه با استعمار انگلیس در عراق و جنبش مشروطیت در ایران از آن جمله‌اند.
در دوران ��نقلاب مشروطه در ایران، مجتهدانی مثل آخوند خراسانی و میرزای نائینی در نجف، رهبری فكری و مذهبی مشروطه را در دست گرفته و به هدایت و حمایت از آن پرداختند.
مرحوم آیت‌الله خویی و آیت‌الله سیدعلی سیستانی، زعمای معاصر حوزه علمیه نجف هستند که هدایت این حوزه کهن را در نیم‌قرن اخیر بر عهده داشته‌اند.