شاکله علامه طباطبایی در تفسیر قرآن متأثر از مرحوم میرزا علی آقا قاضی بود به‌طوری که می‌فرمایند: مرحوم قاضی در تفسیر قرآن کریم و معانی آن ید طولایی داشتند؛ این سبک تفسیر آیه‌به‌آیه را مرحوم قاضی به ما تعلیم دادند و ما در تفسیر از مسیر و ممشای ایشان پیروی می‌کنیم، همچنین در فهم معانی روایات وارده از ائمه معصومین(ع) ذهن بسیار باز و روشنی داشتند و شیوه فهم احادیث که «فقه الحدیث» گویند را از ایشان آموخته‌ایم.علامه طباطبایی از اوان جوانی کسب علم و تهذیب نفس را به موازات هم پیش برده بود و بسیاری از شب‌ها در مسجد کوفه و یا مسجد سهله و یا حرم امیرالمؤمنین(ع) در نجف به عبادت و تفکر و تزکیه نفس می‌پرداخت.
او به دستورات اخلاقی و سیر و سلوکی مرحوم قاضی به‌شدت عمل و صفحه دل وجودش را آماده پذیرش اشراقات و الهامات عینی می‌کرد.

دعوت آمریکایی‌ها از علامه طباطبایی
او در حکمت و فلسفه سرآمد فیلسوفان محسوب می‌شد به‌طوری که در 70سال پیش، آمریکایی‌ها به عظمت علمی او پی بردند و تلاش داشتند او را برای کرسی تدریس فلسفه به آمریکا ببرند ولی ایشان قبول نمی‌کرد. دولت آمریکا برای انجام این کار حتی متوسل به شاه ایران شد تا بلکه ایشان به آمریکا برود. محمدرضا شاه هم درخواست آمریکا را به مرحوم آیت‌الله العظمی بروجردی، مرجعیت اعلای شیعه در قم منتقل کرد، آیت‌الله بروجردی هم پیغام‌رسانی کردند ولی علامه طباطبایی با این سفر و اقامت در آمریکا موافقت نکردند‍!

عظمت تفسیر المیزان
یکی از شاهکارهای علامه طباطبایی نگارش تفسیر المیزان در ۲۰جلد است که 20سال هم به‌طول انجامید. روش علامه طباطبایی در تفسیر این بوده که آیات را بر مبنای «ان القرآن یفسر بعضه بعضا» با استفاده از آیات دیگر تفسیر کند و البته علاوه بر آن‌ها بحث‌های روایی، فلسفی، علمی، اجتماعی و تاریخی هم به طور مجزا دارد. 
علما و بزرگان سخنان بسیاری در تعریف و تمجید از تفسیر المیزان گفته‌اند؛ مرحوم شهید آیت‌الله مطهری می‌فرماید: می‌توانم ادعا کنم تفسیر المیزان بهترین تفسیری است که در میان شیعه و سنی از صدر اسلام تا امروز نوشته شده است.
مرحوم شیخ جواد مغنیه از محققان و نویسندگان بزرگ شیعه در لبنان، گفته بود: از وقتی تفسیر المیزان به دست من رسیده، عملاً کتابخانه من تعطیل شده چون مطالعه من پیوسته المیزان شده است.

مسلمان شدن پروفسور هانری کربن، فیلسوف فرانسوی
یکی از تلاش‌های مهم و بین‌المللی علامه طباطبایی، مجموعه مصاحبه‌هایی است که با فیلسوف معروف فرانسوی، پروفسور هانری کربن داشته‌ است. مجموع بیانات علامه طباطبایی در این جلسات که در تهران تشکیل می‌شد ضبط و منتشر می‌شد و هانری کربن نیز آن‌ها را در اروپا منتشر می‌کرد.
هانری کربن معتقد بود یگانه مذهب زنده و اصیل که هنوز در دنیا نمرده، مذهب شیعه است چون قائل به وجود امام حی و زنده است و اساس اعتقاد خود را بر این مبنا می‌گذارد و با اتکا و اعتماد به حضرت مهدی قائم‌ آل‌محمد(عج) پیوسته زنده است.
مرحوم مهندس عبدالباقی فرزند علامه طباطبایی نقل می‌کند: یک روز بدون اینکه سؤالی از پدر کرده باشیم رو به ما کرد و با بشاشت و نشاط خاصی فرمود: این پروفسور کربن به اسلام مؤمن شده ولی رویش نمی‌شود ایمانش را به زبان بیاورد‍! چند صباحی از این جمله پدرم گذشت و یک روز پروفسور کربن در یک کنفرانس در خارج، درباره امام زمان(عج) سخنان پرشوری ایراد کرد و ضمن آن گفت: «من به‌خاطر بحث درباره اسلام و رسیدن به این حقایق، نزدیک بود پست تحقیقی خودم را از دست بدهم، یعنی کلیسا مرا از این پست خلع کند!» پدرم وقتی از این موضوع مطلع شدند بسیار مسرور و مشعوف شدند و گفتند: نگفتم این پروفسور کربن مؤمن به اسلام شده ولی رویش نمی‌شود صریحاً اعتراف کند؟‍!

کمرنگ شدن درس‌های اخلاق در حوزه‌ها
همان‌طور که اشاره شد، یکی از دلایل اصلی موفقیت علامه طباطبایی، آشنایی او با عالم ربانی و مهذب نفوس مرحوم آیت‌الله میرزا علی آقا قاضی در نجف بود.
تهذیب نفس قطعاً نیاز به استاد دارد، چرا که باید بر اساس قواعد شرعی باشد و با استفاده از معارف قرآن و اهل بیت(ع) بتوانند به عرفان واقعی مورد نظر اسلام دست یابند و تا یک روحانی، مهذب، متخلق و مؤدب به آداب اسلامی نباشد هیچ‌گاه نمی‌تواند مبلّغ اسلام باشد، حتی ممکن است عملکرد دون اخلاق و شأن روحانیت او آبروی روحانیت را هم ببرد!
ما باید به روزی برسیم که در دادگاه‌های ویژه روحانیت حتی یک پرونده هم از روحانیون نباشد و مردم روحانیت را همانند گذشته‌ای طولانی همواره نورانی و با اخلاص و پشت و پناه خود ببینند.
پیش از انقلاب تقریباً همه ورودی‌های حوزه در درجه اول به فکر انسان شدن و تهذیب نفس بودند و مرتب به سراغ بزرگانی مانند علامه طباطبایی می‌رفتند تا بلکه معنویتی پیدا کنند.

علامه طباطبایی و درس اخلاق
یکی از فضلای حوزه نقل کرد: در اوایل طلبگی که تازه وارد حوزه شده بودم یک روز به در خانه علامه طباطبایی رفتم و عرض کردم آقا من تازه طلبه شدم و دوست دارم اهل معنویت باشم، خواهش می‌کنم به من توصیه‌ای بفرمایید. علامه طباطبایی در جواب فرمودند: شما به ذکر «یونسیه» مداومت داشته باشید (آیه شریفه لا اله الا انت سبحانک انی کنت من الظالمین).
آن طلبه گفت: من دیدم این ذکر را بلدم، به علامه عرض کردم: آقا جان!‍ یک ذکر دیگر هم بفرمایید. علامه طباطبایی در جواب فرمودند: شما باید اول بر این ذکر مداومت داشته باشید تا آثار آن پدیدار شود، هر وقت آثارش پدیدار شد تشریف بیاورید ذکر بعدی را عرض کنم. او می‌گوید: به علامه گفتم آثارش چه باید باشد تا من بفهمم اثرش ذکر یونسیه حاصل شده؟ علامه به خیابان صفائیه اشاره کردند و فرمودند: اثرش باید این باشد که هر وقت از خیابان صفائیه رد شدید، صدای تسبیح این درختان را بشنوید‍!
بله! تهذیب نفس باید این‌جوری باشد که مانند خود علامه صدای تسبیح موجودات را بشنوی آن‌وقت خواهید دید مردم چنین روحانیون نورانی را چگونه عزت و احترام و تکریم کنند چون باید آثار «سیماهم فی وجوههم من اثر السجود» که کنایه از نورانیت و معنویت است در چهره مؤمنان پدیدار باشد.