مهم‌ترین دلیل اجرا نشدن طرح پزشکی خانواده، سنجاق کردن این طرح به عناوین نظام ارجاع و پرونده الکترونیک بوده است. به‌گونه‌ای که مدتی به بهانه مخالفت متخصصان به نظام ارجاع و مدتی به بهانه نبود زیرساخت الکترونیک و به‌تازگی هم به بهانه کمبود اعتبارات این طرح باوجود تصویب نتوانست در جایگاه اصلی خود قرار گیرد. گرچه در روستاها به‌صورت نیمه‌کاره اجرا شده است، اما به سبب ماندگار نبودن نیروها در روستاها که به دلیل دستبرد به اعتبارات بیمه روستایی و افزایش نیافتن سرانه و کارانه در سال‌های اخیر بود، ضربه مهلکی در روستاها به این طرح خورد. یکی از مشکلات اصلی این برنامه یکسان نبودن اجرای طرح در شهر و روستاست.