تا سال‌ها این مدرسه را به نام مدرسه یوسفیه می‌شناختند، به نام سازنده بنای مدرسه. مدرسه‌ای با دو در ورودی و خروجی که یک درش به بازار باز می‌شده و در دیگرش به محله مسکونی. اصلاً همین ویژگی سبب شده پس از سال‌ها، مدرسه را به نام مدرسه دو در بشناسند. بالاخره امیریوسف خواجه، کار خودش را کرده و برای طلبه‌هایی که دوست داشتند در جوار امام رضا(ع) باشند مدرسه‌ای ساخته و وقف کرده است. برای هزینه‌های مدرسه هم موقوفاتی به جا گذاشته و وقتی سه سال بعد از دنیا رفته، خودش را در مکان همین مدرسه به خاک سپرده‌اند، جایی نزدیک امام رضا(ع) و حالا وسط حرم مطهر حضرت(ع). از سال 1381 این مدرسه علمیه تبدیل شد به دارالقرآن الکریم حرم مطهر رضوی.