نقاره‌خانه حرم امام رضا(ع) قدیمی‌ترین نقاره‌خانه مذهبی ایران است و سایر اماکن مذهبی به تبعیت از این مکان مقدس شروع به نقاره‌نوازی کردند. در خصوص تاریخ دقیق ایجاد نقاره‌خانه در حرم رضوی مستندات روشنی وجود ندارد.  قدیمی‌ترین خبر درزمینه نقاره‌نوازی در حرم رضوی در کتاب مهمان‌نامه بخارا، در قرن دهم هجری، ذکر شده است. نویسنده هنگام شرح زیارت محمدخان شیبانی در حرم امام رضا(ع) اشاره می‌کند «بر فوق بارگاه حضرت امام» محلی است «که نقاره نوبت حضرت امام می‌زنند».  این خبر بدون ذکر سابقه‌ای از تاریخ آغاز نقاره‌زنی در حرم، به‌صراحت از وجود محلی برای این کار آگاهی می‌دهد. البته نباید از یاد برد بارگاه رضوی در دوره‌های مختلف، حتی در زمان حکومت اهل تسنن، به‌ویژه از زمان سلاطین تیموری مورد توجه بوده است. بنابراین دور از ذهن نیست جایگاهی برای نواختن نقاره برای تعیین اوقات شرعی در این بارگاه وجود داشته باشد. در دوره صفوی (1148 ـ 907 ق) با شکل‌گیری تشکیلات اداری آستان قدس رضوی، نقاره‌خانه حرم مطهر هم دارای تشکیلات اداری منظم و مدونی شد.  قدیمی‌ترین سند نقاره‌نوازی در حرم رضوی مربوط به سال 1011 هجری قمری است که به درویش حاجی محمد طبال که به وی کوسچی نیز گفته می‌شده، حقوق پرداخت شده است. (سند شماره18881/1 موجود در مرکز اسناد آستان قدس رضوی) 

 قدیمی‌ترین سند در مورد نقاره‌خانه
سنت نقاره‌نوازی در دوره افشاریه نیز به همین شکل ادامه داشت. در دوره قاجار بر اساس منابع موجود به نظر می‌رسد جایگاه نقاره‌خانه و نقاره‌نوازی در حرم رضوی برای عموم مردم به امری مقدس تبدیل شده بود، به‌گونه‌ای که حتی برای برآورده شدن حاجات «به نقاره‌خانه حضرت متمسک» می‌شدند. 
در این زمان به کارکنان نقاره‌خانه عملجات شکوه می‌گفتند. به نظر می‌رسد این تعابیر گویای تغییر اساسی در ماهیت و وظیفه نقاره‌خانه در این دوره است. وظیفه‌ای که از نوبت‌نوازی صرف به نشانی از عظمت و جلال در حرم رضوی تبدیل شده است. در دوره پهلوی برای نخستین بار از آغاز نقاره‌نوازی در حرم رضوی شاهد توقف چند ساله این سنت هستیم. در دوره پهلوی اول در سال 1314 تا 1321 نقاره‌نوازی تعطیل می‌شود.
 به نظر می‌رسد واقعه مسجد گوهرشاد و سیاست‌های خاص مذهبی رضاشاه در این خصوص تأثیرگذار بوده است. به هر رو، پس از شهریور1320 و سقوط رضاشاه، همان‌گونه که بسیاری از مقیدات و موانع ایجاد شده برای امور مذهبی و سیاسی در سراسر کشور از میان رفت، نقاره‌خانه امام رضا(ع) نیز دوباره شروع به فعالیت کرد. 
این سنت تا امروز جریان دارد و هر روز صبح و شام و یا در اعیاد و جشن‌ها نوای آن، قلب هر زائر و مجاوری را به تپش درمی‌آورد.