پس از تحصیلات ابتدایی، یکی دو سال مشغول تحصیلات قدیمه بود و سپس قاین را برای ادامه تحصیلات، به مقصد مشهد ترک کرد. حدود هشت سال در مشهد، سطح را فرا گرفت. ادبیات و مطوّل را نیز نزد ادیب نیشابوری بود و کتب سطح را نزد آقا شیخ هاشم قزوینی و شیخ هاشم دامغانی گذراند. سال1330 ابتدا به تهران و سپس عراق رفت، اما پس از فوت پدر به ایران بازگشت و به قاین رفت. دو سال در قاین بود تا کارهای مالیات بر ارث و انحصار وراثت انجام شد و اوضاع سامان گرفت. در همان زمان هم ازدواج کرد.
شیخ محمدتقی سپس برای ادامه تحصیلات همراه خانواده به عراق رفت. در آنجا تا سال 1338 یا 1339 ماند و از درس آقایانی همچون سیدمحسن حکی، سیدمحمود شاهرودی و اصول مرحوم خویی استفاده کرد. درس خارج را در نجف خواند. چند صباحی هم از درس میرزاباقر زنجانی استفاده کرد؛ ولی استادان ثابت وی آقایان حکی و شاهرودی بودند. او دوباره به ایران بازگشت و 10 سال در قاین بود تا در زادگاهش خدمت کند.
شیخ محمدتقی نقوی قائنی در کنار تربیت ستارگان حوزوی و تبلیغ معارف دینی، به تألیف آثاری با موضوعات مذهبی نیز مبادرت ورزید. «مفتاح‌السعاده فی شرح نهج‌البلاغه»، «شرح خطبه غدیر» و «ضیاء الفرقان فی تفسیر القرآن» از جمله آثار او است. در خلال کار تفسیر نهج‌البلاغه، چند کتاب هم به فارسی نوشت. «شرح دعای کمیل»، «شرح دعای جامعه زیارت کبیره»، «شرح خطبه فدک»، «شرح خطبه حضرت رسول(ص) در غدیرخم»
 و «شرح دعای عرفه» ازجمله کتا‌ب‌های فارسی او است. وی سرانجام ۱۸خرداد 1398 شمسی در ۹۰سالگی به‌ندای پروردگارش لبیک گفت.