کریم باقری مربی تیم ملی ایران در موقعیتی قرار گرفته است که ظاهراً باید از میان تیم ملی و پرسپولیس در نهایت یک تیم را انتخاب کند، این در حالی است که برخی اتفاقات و حاشیه‌سازی‌ها سبب دلخوری او شده است. باقری درباره بحث حضور همزمانش در تیم ملی و پرسپولیس گفت:نمی‌دانم الان چرا چنین بحث‌هایی مطرح شده است، آنهم در حالی که ما قراردادی با تیم ملی نداریم. دوستان ابتدا باید برادری‌شان را ثابت و با ما تسویه حساب کنند و بعداً به این بحث پرداخته شود. هنوز با من، وحید هاشمیان، خانبان و قربانعلی‌پور تسویه حساب نکردند و این در حالی است که با مربیان خارجی تسویه حساب صورت گرفته است. آقای اسکوچیچ از من خواست که با تیم ملی همکاری کنم و این همکاری در فدراسیون قبلی هم ایجاد شد. حالا بحث نهادهای نظارتی مطرح شده است، اما نمی‌دانم چرا تا دو ماه پیش از این خبرها نبود. 
وی ادامه داد: همه می‌دانند اولویت من پرسپولیس است و یک فصل دیگر هم با این تیم قرارداد دارم. من مشکلی در پرسپولیس ندارم و بودن در این تیم بزرگ برایم افتخار است. در ضمن منتی هم سر هیچ کس نمی‌گذارم. من در پرسپولیس راحت هستم و دوستانم در این تیم هستند. اگر یحیی گل‌محمدی صلاح بداند در خدمت تیم هستم و اگر هم اتفاقی غیر از این افتاد، جدا می‌شوم. فعالیت در تیم ملی هم برایم افتخار است، ولی همه می‌دانند که اولویت من پرسپولیس است.
باقری در مورد رسانه ای شدن دستمزدش در تیم ملی گفت: آیا مربیان باشگاهی و ملی در جاهای دیگر مجانی کار می‌کنند؟! همه جا عرف است که بازیکن یا مربی قرارداد امضا می‌کند و براساس آن قرارداد دستمزدش را می‌گیرد. آیا من از فدراسیون و تیم ملی خواستم که به کریم باقری پیشنهاد همکاری بدهند؟ آن‌هایی که قرارداد من یا دیگر اعضای کادر فنی را رسانه‌ای کردند و آن را به بیرون دادند، قطعاً احمق هستند و فهم ندارند. مگر من دزدی کردم که این‌گونه حاشیه درست می‌کنند؟ برخی می‌خواهند مرا به حاشیه ببرند، ولی سنگ آن‌ها به جای دیگری می‌خورد. من دنبال حاشیه نیستم و در پرسپولیس کارم را انجام می‌دادم که تیم ملی پیشنهاد داد و من هم قبول کردم.
مربی پرسپولیس در مورد قهرمان نشدن این تیم گفت: پرسپولیس هم پنج سال پیاپی قهرمان شده بود. ما امسال کم و کاستی‌هایی داشتیم و قهرمان نشدیم ،امیدوارم پرسپولیس فصل بعد انتظارات هواداران را برآورده کند.