مرحله دوم جهاد تبیین، مرحله پسینی است یعنی باطل پس از کارزار و تقابل با جبهه حق، با تحریف و قلب حقایق، در مقام توجیه جنایت و تهاجم خودش برمی‌آید. در مقابل، جبهه حق از این شرایط برای تبیین و روشنگری حق استفاده می‌کند. دوران امام باقر(ع) مصادف با حکومت امویان بود. بنی‌امیه درصدد بودند با حربه‌های مختلف جامعه زمان خود را از جامعه عصر نبوی منحرف کنند و فرهنگ جاهلی خود را با ابزارهایی که در طول زمان داشتند مثل سیاست‌های حدیث‌سازی و نسبت دادن آن‌ها به پیامبر(ص)، استفاده از اسرائیلیات و جبرگرایی در جامعه نهادینه نمایند.