در دوران امام باقر(ع) حکومت غاصبانه بنی‌امیه رو به زوال می‌رفت و پایه‌های این حکومت لرزان بود، به دلیل وجود شرایط سیاسی خاص حاکم، تا اندازه‌ای فرصت برای امام در جهت برقراری مجامع علمی فراهم شد و فرصتی برای بیان حقایق، تبیین احکام فقهی شیعه، بیان تفسیر و مجموعه اعتقادی شیعه در ابعاد مختلف، رفع شبهات و سؤالات و ابهامات ایجاد شد؛ آنچه دوران امام باقر(ع) را از دوران ائمه(ع) گذشته متمایز می‌سازد، فرصتی است که برای تدوین مبانی اعتقادی شیعه و نظام‌سازی تعالیم آن فراهم شد. به واقع، نقش درخشان امام باقر(ع) در این دوره در ایجاد نهضت علمی، روشن‌سازی افکار عمومی دانشمندان اسلامی و تربیت شاگردان و فقیهان بسیار دارای اهمیت بود؛ آن امام بزرگوار دانشمندان برجسته‌ بسیاری را در حوزه‌های مختلف علمی مانند فقه، حدیث، تفسیر و دیگر عرصه‌های علوم اسلامی تربیت کردند که هر یک وزنه‌ای در دانش به شمار می‌رفتند.  نقش علمی امام باقر(ع) آنچنان درخشان است که بیشترین حدیث در بین جوامع حدیثی شیعه، از آن این امام همام و فرزند برومند و خردمندش امام صادق(ع) است و این خود گواهی در اثبات جایگاه رفیع و نقش اثرگذار علمی آن امام بزرگوار به شمار می‌رود.  حوزه درس امام باقر(ع) بیان احکام شرعی صرف نبود؛ اگر آن حضرت صرفاً در گوشه مسجد می‌نشستند و فقه برای مردم می‌گفتند و کاری به مسائل و مشکلات جامعه و احیای حقیقی دین نداشتند، حکومت‌، متعرض ایشان نمی‌شد؛ همان‌گونه که متعرض بسیاری از فقها و متکلمان نشد. اما مکتب امام باقر(ع) با آن بیان، استدلال و منطق قوی، حکومت را به چالش می‌کشاند و ماهیت غاصبانه آن را با علم، فقه و درس برملا می‌کرد.