به گزارش قدس آنلاین، آرامگاه شیخ که به روایتی مَدرَس ایشان نیز بوده، تا پیش از سده حاضر اتاقی در گوشه صحن آزادی بود. در این زمان اتاق وسیع شده و به صورت یک تالار کوچک درآمد و برای مزار شیخ، سنگی در وسط آن نهاده شد. به غیر از کف و ازاره‌ها که از سنگ مرمر است، دیوارها و سقف آینه‌کاری است. سقف قاب‌بندی شده و داخل قاب‌ها با آینه به اشکال هندسی و ستاره‌های شش‌پر آذین شده و حاشیه‌های قاب‌های سقف نیز مقرنس‌های آویخته آینه‌ای کار شده که انعکاس نور چراغ‌ها در آن‌ها جلوه‌ای ویژه به فضای تالار داده است. در آینه‌کاری دیوارها نیز قاب‌هایی با نقوش گره هندسی و ستاره کار شده است. یک کتیبه سنگی به خط ثلث صنیع‌التولیه، کتیبه‌نویس و «نقاش‌باشی آستانه» در بالای دیوار سه ضلع آرامگاه و زیر طاق درج شده که در آن به شرح حال شیخ بهایی و زمان تعمیر و نوسازی آرامگاه (۱۳۲۴ خورشیدی) اشاره شده است.
مدفن مرحوم شیخ بهایی در وسط رواق جای دارد. این بنا تقریباً به شكل مربع است كه ارتفاع آن 90/5 متر و مساحتش حدود 102 مترمربع است. پیش از بنای صحن موزه، مقبره شیخ در وسط حجره‌ای معمولی و محقر بدون تزئینات، میان راهرو و صحن آزادی و فضای باز پایین پا كه به صحن موزه تبدیل شده بود، قرار داشت.
بنا به شخصیت بزرگ شیخ بهایی و دانش گسترده ایشان در علوم مختلف، از جمله هندسه و معماری و اقداماتی که در شهر اصفهان انجام داده، ساخت برخی بناهای حرم را به او نسبت می‌دهند که اغلب جنبه افسانه‌ای دارد و از سندیت تاریخی برخوردار نیست؛ از جمله تنظیم تقارن دورنمای گلدسته‌های طلای حرم مطهر که در سده‌های بعدی اتفاق افتاده، اما به ایشان منتسب می‌شود؛ ولی مسلم است جناب شیخ در سفرهای متعدد، مدت طولانی در مشهد اقامت می‌کردند.