این وضعیت در دوره‌های بعد و با شروع قیام‌های مردمی در این منطقه تشدید شد؛ مغولان به بهانه سرکوب قیام‌ها، حتی مناطقی که ارتباطی با آن‌ها نداشتند را هم غارت و ویران می‌کردند. تنها در زمان حکومت سربداران و پس از الحاق مشهد به قلمرو آن‌ها، برای مدت کوتاهی مردم این شهر و روستاهای اطراف آن، زندگی نسبتاً آرامی را از سر گذراندند؛ اما با هجوم تیمورلنگ دوباره همه چیز به هم ریخت و طی بیش از 30 سال امارت وی، خراسان آماج غارت‌ها و تخریب‌های بسیاری شد. با مرگ تیمور و روی کار آمدن فرزند فرهنگ‌دوستش یعنی شاهرخ‌میرزا و تلاش او برای آباد کردن شهر مشهد و نواحی اطراف آن، چنین به نظر می‌رسید که ایام نزاع‌های خونین اُمرا و سلاطین به پایان رسیده و قرار است صلح و آرامش برقرار باشد. البته این صلح و آرامش تا حدود زیادی برقرار ماند و در دوره حکومت بایسنقر، پسر شاهرخ و گوهرشاد خاتون بر مشهد، مردم روزگار آرامی داشتند. اما با قدرت گرفتن سلطان حسین بایقرا، آخرین امیر مقتدر تیموری انگار دوباره بخت مردم خراسان بسته شد. سلطان ‌حسین خود انسانی فرهنگ‌دوست و دین‌پرور بود؛ وزیرش امیر علیشیر نوایی یکی از برجسته‌ترین شخصیت‌های عصر تیموری و بانیان توسعه عمرانی حرم مطهر محسوب می‌شد که با همتش مشکل کم‌آبی مشهد رفع شد و سنگ بنای صحن عتیق را نیز گذاشتند اما مشکلات مربوط به برقراری امنیت به طور کامل از بین نرفت و خراسان همچنان آبستن حوادث ناگوار باقی ماند.

پسران ناخلف
ماجرا از این قرار بود که پسران سلطان‌ حسین بایقرا حوصله نداشتند تا مرگ پدر صبر کنند و بعد به دنبال میراث خودشان بروند! یکی از آن‌ها به نام «ابوالمحسن میرزا» مشهور به «کپک میرزا» که پدرش وی را به عنوان حاکم مرو منصوب کرده ‌بود، هوس کشتن پدر و بدست آوردن حکومت تیموری به سرش افتاد و دست به شورش زد. ابوالمحسن به برادرش «محمدمحسن‌ میرزا» که حاکم ابیورد بود هم نامه نوشت که وی را در شکست دادن پدر و تصرف حکومت یاری کند. به این ترتیب آتش جنگ و نزاع خانگی دوباره در خراسان زبانه کشید. از آن طرف پسر دیگر سلطان حسین بایقرا یعنی «محمدحسین میرزا» هم که حکومت استرآباد (گرگان امروزی) را عهده‌دار بود، عَلَم طغیان برداشت و حتی برادرانش را هم تهدید به مرگ کرد. وضع خیلی بدی بود. سلطان حسین بایقرا با همراهی یکی دیگر از پسرانش به نام «حیدرمیرزا» که حکومت مشهد را بر عهده داشت، تصمیم به محاصره مرو و تنبیه پسر سرکش و نااهل گرفت؛ اما کار به این سادگی‌ها نبود و هر لحظه امکان داشت که با رسیدن نیروهای محمدحسین میرزا از استرآباد، جنگی سخت آغاز شود و حتی مشهد مقدس نیز از آتش این فتنه مصون نماند. 

تدبیر امیرعلیشیر نوایی در حرم رضوی
در چنین شرایطی به دلایلی که بر ما معلوم نیست، امیرعلیشیر نوایی، وزیر خردمند سلطان تصمیم گرفت به سفر حج برود. به همین دلیل از پایتخت تیموری، یعنی شهر هرات بیرون آمد و راهی مشهد شد تا از آنجا راه حجاز و مکه را پیش گیرد. در مشهد بزرگان شهر و سادات به پیشواز وزیر خردمند آمدند و او چند روزی را به عبادت در حرم رضوی گذراند. آنجا بود که پیک سلطان به دنبال وی آمد و به امیرعلیشیر نوایی خبر داد که به هرات بازگردد و برای مشکل پیش آمده، چاره‌ای بیندیشد. امیر مردد ماند که آیا حضور او می‌تواند نقشی در این ماجرا و دفع فتنه داشته ‌باشد؟ وی سفیر را بازگرداند و به سلطان پیغام داد که درباره موضوع فکر خواهد کرد. امیرعلیشیر نوایی چند روز دیگر در حرم رضوی و روضه منوره ماند. طبق گزارش غیاث‌الدین خواندمیر در «تاریخ حبیب‌السیر»، امیرعلیشیر نوایی در آن چند روز با توسل به وجود مقدس امام رضا(ع) کوشید تا تردید را کنار بگذارد. سادات و نقبای شهر به دیدارش آمدند. جلسه‌ای ویژه با محوریت تلاش برای صلح، در روضه منوره برگزار شد تا در آن، صلاح دین و دولت 
شناخته شود. 
آنجا بود که امیرعلیشیر نوایی در نهایت تصمیم گرفت بازگردد؛ ظاهراً برای این کار، پس از مشورت با بزرگان و برای اطمینان قلبش، استخاره کرد و چون نیکو آمد، بلافاصله عازم هرات شد. امیرعلیشیر نوایی سرانجام توانست میان سلطان و فرزندانش، آشتی برقرار کند؛ همه پسران به استثنای محمدحسین میرزا، از پدر عذر خواستند و برای سرکوب برادری که همچنان یاغی‌گری پیشه کرده ‌بود، متحد شدند. این اتحاد موجب شد خطر ناامنی از خراسان دور شود و مردم این خطه از خطری بزرگ در امان بمانند.  

خبرنگار: محمد حسین‌ نیکبخت