محله بنی‌هاشم
پیشینه خانوادگی‌اش را نه در نجف و نه در قم یا مشهد می‌شود جست‌وجو کرد. می‌گویند جدش «سیدحسین» از اهالی مدینه و محله بنی‌هاشم بود و اصل و نسبش به امام سجاد(ع) می‌رسید. آن زمان دانشمندان زیادی سیدحسین را می‌شناختند و در سفرهایشان به محله بنی‌هاشم و خانه او رفت و آمد داشتند. شاید همین شهرت سبب می‌شود که اهالی آذربایجان در ایران با نامه و نامه‌نگاری خواهان حضور سیدحسین در ایران شوند. سرانجام جد خاندانی که ما آن‌ها را به نام « میلانی» می‌شناسیم، بار سفر می‌بندد و راهی آذربایجان شده و به اتفاق برادرش علی‌اکبر میلانی در نزدیکی شهر «اسکو» ساکن و پس از آن به میلانی معروف می‌شوند.
البته «سیدمحمدهادی» بعدها در شهر نجف به دنیا می‌آید و همان جا هم شروع به درس خواندن می‌کند. طبق رسم و رسومات و شرایط آن زمان، نخستین معلمانش پدر و مادرش هستند. بعدها هم که پدرش را از دست می‌دهد و جدی‌تر به درس و یادگیری می‌پردازد، چه برای مقدمات معارف دینی، چه دوره سطح و درس خارج و فقه و اصول و چه فلسفه و کلام  پای درس استادان بنام آن زمان می‌نشیند. از جمله علمایی است که پیش از 30 سالگی به اجتهاد می‌رسند و سری در میان مجتهدان زمانه خودشان درمی‌آورند. آیت‌الله میلانی پس از سال‌ها تدریس در نهایت در کربلا بیمار می‌شود و سروکارش به اطبای بغداد می‌افتد. آن‌ها تجویز می‌کنند که باید از آب و هوای عراق پرهیز کند و برای ادامه معالجه به ایران برود.

درمان دردها
60 ساله بود که برای زیارت به مشهد آمد و همین زیارت هم به سکونتش در این شهر انجامید. رهبر انقلاب درباره سفر آیت‌الله میلانی به مشهد و تأثیرگذاری حضور وی در مشهد گفته‌اند: «... ما دیدیم که مرحوم آیت‌الله میلانی از کربلا که نزدیکی نجف بود آمدند تا مشهد و یک حوزه علمیه بزرگی را به وجود آوردند... این یک واقعیت است ... از برکت الهی برای حوزه علمیه مشهد وجود آیت‌الله میلانی بود...».در همان قدم نخست، آیت‌الله میلانی تلاش کرد به دروس حوزه علمیه مشهد سروسامان ببخشد. با همه دوری از مشهد، انگار با درد حوزه علمیه آن زمان بیگانه نبود و خوب می‌دانست پراکندگی علمای مشهدی و فقدان استادان پرمایه را باید هر طور هست جبران کند. برای همین هم خودش بر کرسی تدریس نشست و هم شروع به جذب استادان توانا برای حوزه علمیه مشهد کرد. درس خارج اصول و فقهی را که در مسجد گوهرشاد به راه انداخت به مرور زمان استادان دیگر را نیز به مشهد کشاند. تحول بزرگی هم که در روش آموزشی ایجاد کرد و بی‌نظمی‌ها و نابسامانی حاکم بر مدارس دینی را پایان داد، سبب شد حوزه علمیه مشهد دوباره رونق بگیرد.
این ننگ را کجا ببریم؟
همان طور که می‌شود برای فعالیت‌های‌ علمی و پژوهشی‌اش، کتاب‌ها نوشت، برای فعالیت‌های سیاسی و حضور مؤثر در رخدادهای سیاسی و اجتماعی هم می‌شود کتاب‌های زیادی نوشت (البته به جز کتاب آیت‌الله میلانی به روایت اسناد نوشته رحیم روحبخش). وقتی پهلوی دوم در دی ماه 1341 برنامه شش‌گانه انقلاب سفیدش را اعلام کرد و زمانی که در 23 اسفند امام خمینی(ره) در برابر آن موضع گرفت، آیت‌الله میلانی نیز در مشهد اعلام کرد: «در این شرایط، روحانیتی که خود را شریک غم و شادی ملت مسلمان ایران می‌داند هرگز عید و مراسم آن را نخواهد داشت...». در ماجرای لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی نیز به حکومت نامه نوشت که: «وظیفه خود می‎دانم با استمداد حضرت بقیه‌الله ـ ارواحنا فداه ـ برای سومین بار صریحاً اعلام بدارم تصویب نامه دولت شما در مورد انجمن‎های ایالتی و ولایتی با عدم رعایت شرط اسلام در انتخاب‌شوندگان و تبدیل قسم قرآن مجید به قسم به کتاب آسمانی، ملت مسلمان ایران و خاصه علمای اعلام را بی‎نهایت خشمگین ساخته است ... تذکر می‎دهم، به حکم موازین شرعی و احترام به افکار و معتقدات ملت مسلمان ایران لازم است هر چه زودتر تصویب نامه مزبور را لغو و برای اطلاع عموم اعلام نماید...».
پس از حمله به مدرسه فیضیه، آیت‌الله میلانی در پیامی پرده از چهره کریه حاکمان وقت ایران برداشت: «ما از حمله و یورش چنگیزانه، به ساحت حوزه علمیه قم گذشتیم! از حبس و زجر رجال دینی و ملی گذشتیم! از حمله به دانشگاه و مراکز علمی ملت و سلب هر نوع آزادی فردی و اجتماعی چشم پوشیدیم... این ننگ را کجا ببریم که مملکت اسلامی ما را دارند پایگاه اسرائیل و صهیونیست می‎کنند...؟».البته می‌توانید به مواردی که گفتیم، واکنش به دستگیری امام(ره) و تلاش برای آزادی ایشان را هم اضافه کنید.

اسناد ساواک
اسناد ساواک هم درباره فعالیت‌های آیت‌الله میلانی، گفتنی‌های بسیاری دارد. از اقرار مأموران به میزان نفوذ او در میان مردم بگیرید تا ریزفعالیت‌های اجتماعی یا سیاسی وی و همچنین رفت و آمد‌ها یا نامه‌نگاری‌هایش با شخصیت‌های داخلی یا خارجی. به جز این‌ها تلاش‌های آیت‌الله برای مقابله با فرقه بهائیت که به شدت توسط رژیم حمایت می‌شوند هم هست و دست بر قضا انگار این مورد بیشتر از همه مأموران و مقام‌های ساواک را آزار می‌دهد به شکلی که در برخی اسناد، نامه‌هایی از طرف «مقدم» رئیس وقت اداره سوم ساواک دیده می‌شود که از ساواک مشهد می‌خواهد با ترویج شایعات و ساخت ترانه‌ها و اشعار محلی سخیف علیه آیت‌الله میلانی جایگاه او را در میان مردم تضعیف کند! 
با همه فعالیت‌ها و درگیری‌های سیاسی و همچنین اهتمام به امور حوزه علمیه، در جایگاه یک فقیه هیچ وقت از مردم و مشکلاتشان غافل نیست. به جز اینکه هر روز ساعاتی را در خانه‌اش به ملاقات با مردم اختصاص می‌دهد و پای درددل‌هایشان می‌نشیند مثلاً در کمک به مناطق زلزله‌زده جنوب خراسان و بسیج طلاب و مردم برای کمک‌رسانی حضور فعال دارد و در ساخت مدارس، مساجد و خیریه‌های متفاوت به شدت پرتلاش است.
آیت‌الله میلانی پس از 20 سال حضور در مشهد مقدس، 29 رجب سال 1395 قمری به دلیل سرطان به رحمت خدا می‌رود و در رواق توحیدخانه حرم مطهر به خاک سپرده می‌شود.