وی پس از 300 روز خدمت در وزارت رفاه، در نامه‌ای به سید ابراهیم رئیسی نوشت: به‌ منظور افزایش هماهنگی در دولت، استعفای خود را از این سمت اعلام می‌نمایم. رئیس دولت‌ هم ‌پس از قدردانی از زحمات حجت‌الله‌ عبدالملکی، با استعفای دوم این مدیر موافقت کرد. بهادری جهرمی، سخنگوی‌ دولت نیز در جریان نشست خبری‌اش استعفای کنونی و سابق عبدالملکی را تأیید کرد.
رئیسی کناره گیری یک وزیرجوان را با انتصاب 
محمد هادی زاهدی وفا، یکی دیگر از کادرهای علمی و پژوهشی از دانشگاه امام صادق(ع) به سرپرستی وزارت رفاه جبران کرد. محمدهادی زاهدی وفا متولد سال 1342 در تهران است. او دکترای اقتصاد خود را در سال ١٣٨٠ از دانشگاه اتاوای کانادا تکمیل کرد. در سوابق مدیریتی زاهدی وفا ریاست مرکز تحقیقات دانشگاه امام صادق(ع) ١٣٨٢ -١٣٨٠، ریاست دانشکده معارف اسلامی و اقتصاد دانشگاه امام صادق(ع) 1394 -1382 و معاونت امور اقتصادی وزارت امور اقتصادی و دارایی 1388 - 1384 ثبت است. وی همچنین نماینده وزارت اقتصاد در شوراها و کمیسیون‌های تخصصی از جمله شورای عالی تحقیقات و فناوری (عتف)، شورای اقتصاد، کمیسیون اقتصادی دولت، شورای پول و اعتبار، شورای عالی انرژی، کارگروه ویژه نفت، شورای عالی توسعه صادرات غیرنفتی، ستاد تنظیم بازار بوده است. زاهدی‌وفا در دولت سیزدهم، معاونت اقتصادی معاون اول رئیس‌جمهور را نیز بر عهده داشت. 
حسین محمدی سیرت استاد دانشگاه و پژوهشگر حوزه جریان شناسی سیاسی با انتشار پیامی در توییتر، با اشاره به اینکه کناره‌گیری عبدالملکی برای بعضی‌ها بهانه‌ای شده تا ایده جوان‌گرایی انقلابی را بزنند، نوشت: «به نظرم استعفای آقای عبدالملکی بیش از آنکه نتیجه ناکارآمدی باشد، نتیجه تصویری است که او از خودش ساخت! ایده‌های خاص و اظهار نظرهایی عجیب!» موسوی لارگانی اما با متهم کردن عبدالملکی نوشت: «در دوران وزارت عبدالملکی به‌نام جوان‌گرایی، گماشته‌پروری و به جای انقلابی‌گری، جاه‌طلبی در وزارتخانه حاکم شد». سیامک قاسمی فعال توییتری هم نوشت: «اونی که قرار بود به مردم یاد بده که چجوری با یک میلیون تومان شغل ایجاد کنن خودش شغلش رو از دست داد». سید علیرضا آل‌داوود هم نوشت: «عبدالملکی قیامتش را خرید، کاش دیگر وزرایی که نتوانستند در یک‌سال فرصت طلایی خوش بدرخشند نیز خیلی زود مسیر آقای عبدالملکی را انتخاب کنند. ما از دولت انقلابی انتظارمان زیاد است». در جریان کناره‌گیری حجت‌الله عبدالملکی از وزارت در دولت سیزدهم اگر چه برخی نیمه خالی یا نیمه پر لیوان را برجسته می‌کنند، اما آنچه مهم است صداقت و شهامت او در مواجهه با امر مهم یعنی توان یا عدم توان مدیریتی‌اش برای ادامه راه است. او ثابت کرد با کوتاه آمدن از پست وزارت هم می‌توان نقش مثبت‌تری بازی کرد.

​​​​​​​خبرنگار: حسین محمدی اصل